Pemerintah Desa Balai Pungut: Dipimpin oleh Kepala Desa/Penjabat (Pj) Kepala Desa (Aisah, S.Pd.) beserta seluruh jajaran perangkat desa, termasuk Sekretaris Desa (Surya AK, SE), para Kepala Seksi (Kasi), dan Kepala Urusan (Kaur).
Badan Permusyawaratan Desa (BPD): Lembaga legislatif desa yang berfungsi menggodok regulasi desa (Perdes), menampung serta menyalurkan aspirasi masyarakat, sekaligus mengawasi kinerja Pemerintah Desa.
2. Lembaga Kemasyarakatan Desa (LKD)
Lembaga Pemberdayaan Masyarakat Desa (LPMD) / LKMD: Wadah partisipasi masyarakat dalam membantu pemerintah desa merencanakan dan menggerakkan pembangunan secara gotong royong.
Tim Penggerak Pemberdayaan Kesejahteraan Keluarga (TP-PKK): Lembaga yang berfokus pada pemberdayaan kaum perempuan dan peningkatan kesejahteraan keluarga melalui 10 Program Pokok PKK.
Karang Taruna: Wadah pengembangan generasi muda desa yang aktif dalam kegiatan sosial, olahraga, kreativitas, dan kepemudaan.
Rukun Tetangga (RT) dan Rukun Warga (RW): Lembaga akar rumput yang membantu pelayanan administrasi pemerintahan desa dan menjaga ketertiban warga di tingkat dusun.
Pos Pelayanan Terpadu (Posyandu) & Pusat Kesehatan Pembantu (Pustu): Lembaga swadaya masyarakat di bidang kesehatan untuk pelayanan ibu, anak, dan lansia.
3. Lembaga Ekonomi Desa
Badan Usaha Milik Desa (BUMDes): Lembaga ekonomi yang dikelola desa untuk meningkatkan Pendapatan Asli Desa (PADes) melalui pemberdayaan usaha mikro, pengelolaan potensi lokal, dan kemitraan strategis.
Kelompok Tani (Poktan) & Kelompok Nelayan: Wadah bagi para petani perkebunan/palawija serta nelayan tradisional Sungai Mandau untuk koordinasi bantuan, bimbingan, dan optimalisasi hasil produksi.
4. Lembaga Adat dan Sosial Budaya
Lembaga Adat Melayu (LAM) / Lembaga Adat: Berperan penting dalam melestarikan kearifan lokal, menyelesaikan sengketa adat, dan menjaga norma budaya, mengingat wilayah ini dihuni oleh masyarakat Melayu dan suku asli (Sakai).
Kelompok Sadar Wisata (Pokdarwis): Lembaga swadaya masyarakat yang dibentuk khusus untuk mengelola, menjaga, dan mempromosikan potensi wisata alam serta budaya di kawasan Tepian Batang Mandau.
5. Lembaga Keagamaan
Lembaga Pengembangan Tilawatil Qur’an (LPTQ): Wadah pembinaan kegiatan keagamaan, khususnya seni baca Al-Qur’an bagi generasi muda desa.
Pengurus Masjid dan Musholla: Badan kemakmuran yang mengelola kegiatan ibadah, perawatan sarana, dan sosial keagamaan pada masjid serta musholla di wilayah Balai Pungut.