Berdasarkan data monografi resmi dan struktur kelembagaan yang tercatat di Kantor Desa Balai Pungut, lembaga-lembaga desa yang aktif menjalankan fungsi pemerintahan, pengawasan, pemberdayaan, dan pelestarian adat di Desa Balai Pungut adalah sebagai berikut:
1. Lembaga Pemerintahan Desa
- Pemerintah Desa Balai Pungut: Dipimpin oleh Kepala Desa/Penjabat (Pj) Kepala Desa (Aisah, S.Pd.) beserta perangkat desa yang terdiri dari Sekretaris Desa (Surya AK, SE), para Kepala Seksi (Pemerintahan, Kesejahteraan, Pelayanan), dan Kepala Urusan (Tata Usaha & Umum, Keuangan, Perencanaan).
- Badan Permusyawaratan Desa (BPD): Lembaga legislatif desa yang berfungsi menggodok regulasi desa (Perdes), menampung dan menyalurkan aspirasi masyarakat, serta mengawasi kinerja Pemerintah Desa.
2. Lembaga Kemasyarakatan Desa (LKD)
- Lembaga Pemberdayaan Masyarakat Desa (LPMD) / LKMD: Wadah partisipasi masyarakat dalam membantu pemerintah desa merencanakan dan menggerakkan pembangunan secara gotong royong.
- Tim Penggerak Pemberdayaan Kesejahteraan Keluarga (TP-PKK): Lembaga yang berfokus pada pemberdayaan perempuan dan kesejahteraan keluarga melalui 10 Program Pokok PKK.
- Karang Taruna: Wadah pengembangan generasi muda desa yang aktif dalam kegiatan sosial, olahraga, kreativitas, dan kepemudaan.
- Rukun Tetangga (RT) dan Rukun Warga (RW): Lembaga akar rumput yang membantu pelayanan administrasi dan menjaga ketertiban warga di tingkat dusun.
- Pos Pelayanan Terpadu (Posyandu) & Pustu: Lembaga di bidang kesehatan swadaya masyarakat untuk pelayanan ibu, anak, dan lansia.
3. Lembaga Adat dan Sosial Budaya
- Lembaga Adat Melayu (LAM) / Lembaga Adat: Mengingat Balai Pungut adalah salah satu pemukiman tertua yang dihuni oleh masyarakat Melayu dan suku asli (Sakai), lembaga adat di sini berperan penting dalam melestarikan kearifan lokal, menyelesaikan sengketa adat, dan menjaga norma budaya.
- Kelompok Sadar Wisata (Pokdarwis): Lembaga swadaya masyarakat yang dibentuk khusus untuk mengelola dan mempromosikan potensi wisata alam dan budaya di kawasan Tepian Batang Mandau.
4. Lembaga Ekonomi Desa
- Badan Usaha Milik Desa (BUMDes): Lembaga ekonomi yang dikelola desa untuk meningkatkan Pendapatan Asli Desa (PADes) melalui pemberdayaan usaha mikro, pengelolaan potensi lokal, dan kemitraan strategis.
- Kelompok Tani (Poktan) & Kelompok Nelayan: Wadah bagi para petani sawit/karet dan nelayan Sungai Mandau untuk koordinasi bantuan bimbingan, pupuk, dan optimalisasi hasil produksi.
5. Lembaga Keagamaan
- Lembaga Pengembangan Tilawatil Qur’an (LPTQ): Wadah pembinaan kegiatan keagamaan, khususnya seni baca Al-Qur’an bagi generasi muda desa.
- Pengurus Masjid dan Musholla: Badan hukum kemakmuran masjid yang mengelola kegiatan ibadah dan sosial keagamaan pada 3 Masjid dan 3 Musholla di wilayah Balai Pungut.